Σαν σήμερα, το 1998 η Ιερά Σύνοδος της Εκκλησίας της Ελλάδος εκλέγει ως Αρχιεπίσκοπο Αθηνών και Πάσης Ελλάδος τον Σεβασμιώτατο Μητροπολίτη Δημητριάδος Χριστόδουλο, κατά κόσμον Χρήστο Παρασκευαΐδη.Στις 28 Απριλίου 1998 εξελέγη από την ιεραρχία με μεγάλη πλειοψηφία Αρχιεπίσκοπος Αθηνών και πάσης Ελλάδος, σε διαδοχή του Σεραφείμ Τίκα που είχε αποβιώσει στις 10 Απριλίου 1998. Η ενθρόνιση του Αρχιεπισκόπου έγινε στις 9 Μαΐου του ίδιου έτος στον Μητροπολιτικό Ναό Αθηνών, όπου εκφώνησε και τον επιβατήριο λόγο του. Κατά τη διάρκεια της αρχιερατείας του έλαβε και τις ακόλουθες πρωτοβουλίες:
- ίδρυσε 14 Ειδικές Συνοδικές Επιτροπές για ένα ευρύ φάσμα προβλημάτων της σύγχρονης κοινωνίας
- ίδρυσε το 1998 γραφείο αντιπροσωπείας της Εκκλησίας της Ελλάδος στην Ευρωπαϊκή Ένωση, στο Συμβούλιο της Ευρώπης και στην UNESCO, καθώς και ειδική Συνοδική Επιτροπή παρακολούθησης Ευρωπαϊκών Θεμάτων
- συνέστησε το Ίδρυμα Ψυχοκοινωνικής Αγωγής και Στήριξης «Διακονία» το 1999 για την αντιμετώπιση κοινωνικών προβλημάτων με έμφαση στους τοξικομανείς, ενώ παρείχε και κέντρο πρόληψης,
- ίδρυσε τη «Στέγη Μητέρας» το ίδιο έτος για τη στήριξη ανύπανδρων μητέρων και κακοποιημένων γυναικών,
- ίδρυσε το Κέντρο Στήριξης Οικογένειας (ΚΕΣΟ) για τη μέριμνα για τα θύματα εμπορίας και παράνομης διακίνησης προσώπων,
- δημιούργησε αλυσίδα βρεφονηπιακών σταθμών για την στήριξη απόρων και πολύτεκνων οικογενειών
- ανέπτυξε το Γραφείο Νεότητας με κατασκηνώσεις, αθλητικές δραστηριότητες, φοιτητικές συνάξεις, σχολές βυζαντινής μουσικής κ.ά.
- Από το 2002 λειτούργησε η Αλληλεγγύη, μία μη κυβερνητική οργάνωση της Εκκλησίας της Ελλάδος, με σκοπό την ανθρωπιστική βοήθεια σε Ελλάδα και εξωτερικό. Στο πλαίσιο της «Αλληλεγγύης» εγκαινιάστηκε το 2005 ο ξενώνας «Στοργή» με στόχο τη φιλοξενία, περίθαλψη και επανένταξη στην κοινωνία γυναικών θυμάτων οικογενειακής ή άλλης βίας.
- Καθιέρωσε την επιδότηση του τρίτου παιδιού στα πλαίσια «προγράμματος στήριξης χριστιανικών οικογενειών της Θράκης» με τη μορφή μηνιαίου επιδόματος 35.000-40.000 δραχμών ανά παιδί ανά μήνα, με θετικά αποτελέσματα προς την κατεύθυνση της αύξησης των γεννήσεων με τον αριθμό «των γεννηθέντων ως τρίτων τέκνων… δι’ έκαστον των ετών εφαρμογής αυτού, υπερδιπλάσιο των προ της εφαρμογής του Προγράμματος ετών». Το πρόγραμμα αυτό συνάντησε ορισμένες αντιδράσεις επειδή δεν δίνονταν στους μουσουλμάνους της περιοχής. Η Ιερά Σύνοδος με επιστολή της απάντησε λέγοντας πως καταβάλλει το επίδομα μόνο στις χριστιανικές οικογένειες επειδή σε αυτές μόνο έχει πρόσβαση αφού αυτές είναι μέλη της, ενώ έθιξε και ζήτημα διαρκούς απραξίας των κατηγόρων του προγράμματος. Σύμφωνα με τα στοιχεία των ληξιαρχείων, το μέτρο της Ιεράς Συνόδου βοήθησε να αυξηθεί η γεννητικότητα των χριστιανικών οικογενειών καθώς οι οικογένειες που απέκτησαν τρίτο παιδί έφτασαν μέσα σε τέσσερα χρόνια τις 800 από περίπου 100.
- με πρωτοβουλία του η Εκκλησία της Ελλάδος παραχώρησε 30 στρέμματα για τη δημιουργία μουσουλμανικού νεκροταφείου στο Σχιστό.
Επίσης επί των ημερών του έγινε διοργάνωση πλήθους συνεδρίων και ημερίδων, είτε με τη συμμετοχή του, είτε υπό την αιγίδα του, για σειρά σύγχρονων θεμάτων της Θεολογίας, όπως οι αιρέσεις, οι ιερατικές κλίσεις και η κατήχηση. Αναβαθμίστηκε ο ραδιοφωνικός σταθμός της Ελλαδικής Εκκλησίας, εκσυγχρονίστηκαν τα έντυπα «Εφημέριος» και «Εκκλησία» και εκδόθηκε το περιοδικό «Τόλμη». Αρκετές μητροπόλεις επίσης απέκτησαν τη δική τους ιστοσελίδα, ενώ αξιοποιώντας κοινοτικά κονδύλια εκδίδουν ηλεκτρονικά πιστοποιητικά και έγγραφα. Στις 19 Δεκεμβρίου 1999 στον Ιερό Ναό Αγίου Κωνσταντίνου Ομόνοιας χειροτόνησε τον πρώτο ιερέα στην Ελλάδα, προερχόμενο από την Αφρική, Θεότιμο Κασόμπο Τσάλαν.
Επίσκεψη Πάπα
Κατά τη θητεία του Χριστόδουλου ως Αρχιεπισκόπου έλαβε χώρα η επίσκεψη του Πάπα Ιωάννη Παύλου του Β΄ στην Αθήνα το 2001, που έγινε κατόπιν αποδοχής πρόσκλησης από τον Πρόεδρο της Δημοκρατίας Κωνσταντίνο Στεφανόπουλο. Κατά την επίσκεψη αυτή, που ήταν και η πρώτη φορά που επισκέφθηκε Πάπας την Ελλάδα, ο Ποντίφικας αφού προσευχήθηκε στον βράχο του Αρείου Πάγου όπου δίδαξε ο Απόστολος Παύλος, ζήτησε στη συνέχεια δημόσια «συγγνώμη» από τον ελληνικό λαό, στην ελληνική γλώσσα, για τα εγκλήματα των Καθολικών απέναντι στους Ορθοδόξους, αναφερόμενος στην Άλωση της Κωνσταντινούπολης το 1204. Ο καθηγητής Κώστας Ζουράρις σε άρθρο του με τίτλο «…διδακτόν η ανδρεία…» επαίνεσε την προσφώνηση του Αρχιεπισκόπου προς τον Πάπα και την επακολουθήσασα «συγγνώμη» του Πάπα, χαρακτηρίζοντάς το γεγονός ως την «μεγαλύτερη νίκη του Ελληνισμού μετά το 480 π.Χ.».
Δημόσιες αντιπαραθέσεις
Οι δημόσιες δηλώσεις του οδήγησαν επανειλημμένα σε δημόσιες αντιπαραθέσεις όπου εμπλέκονταν και τα ΜΜΕ. Στελέχη της αριστεράς, και άλλοι εκπρόσωποι της πολιτικής ζωής, συχνά εναντιώνονταν δημόσια στις εκάστοτε δηλώσεις του Αρχιεπισκόπου. Την παραίτηση του αρχιεπισκόπου Χριστόδουλου είχε ζητήσει ο πρόεδρος του Συνασπισμού, Αλέκος Αλαβάνος, εξαιτίας κειμένου που αποκαλούσε «νέους Διοκλητιανούς» όσους ζητούν χωρισμό κράτους-Εκκλησίας, δηλώνοντας ότι «χρησιμοποιεί το θρησκευτικό συναίσθημα για να διχάσει τον λαό σε πιστούς και σε άπιστους».
Στις 20/9/2004 ο τότε Πρόεδρος της Δημοκρατίας Κωστής Στεφανόπουλος απάντησε στον αρχιεπίσκοπο Χριστόδουλο για το θέμα της επιστροφής στις ρίζες: «Δεν θα ήθελα να συμφωνήσω μαζί σας εις την επιστροφή στις ρίζες. Οι ρίζες πρέπει να υπάρχουν για να δίνουν νέα τροφή στα κλαδιά, τα οποία διαρκώς μεγαλώνουν και καλύπτουν υπό τη σκιά τους μεγαλύτερο αριθμό ανθρώπων και ενεργειών».
Υπόθεση αναγραφής θρησκεύματος στις ταυτότητες
Το πρόσωπο του Αρχιεπισκόπου συνδέθηκε άμεσα με μία μεγάλη σύγκρουση μεταξύ Εκκλησίας και Πολιτείας, που ξέσπασε το 2000, σε σχέση με την αναγραφή του θρησκεύματος στις ελληνικές αστυνομικές ταυτότητες. Στις 8 Μαΐου 2000, ο Υπουργός Δικαιοσύνης Μιχάλης Σταθόπουλος σε συνέντευξη στην εφημερίδα Έθνος δήλωσε ότι η αναγραφή του θρησκεύματος στις αστυνομικές ταυτότητες είναι αντίθετη με το νόμο 2472/1997 για την προστασία των προσώπων από την επεξεργασία προσωπικών δεδομένων. Στις 16 Μαΐου 2000, η Αρχή Προστασίας Προσωπικών Δεδομένων έκρινε με απόφασή της πως το θρήσκευμα πρέπει να απαλειφθεί από τις ταυτότητες. Ο Αρχιεπίσκοπος Χριστόδουλος αντιτάχθηκε σθεναρά στην απόφαση, ισχυριζόμενος ότι η απόφαση προστάχθηκε «από νεο-διανοούμενους που θέλουν να μας επιτεθούν σα σκυλιά και να μας κόψουν τις σάρκες». Το όλο ζήτημα τελικά έλαβε διχαστικό χαρακτήρα καθώς η Εκκλησία παρουσιάστηκε ανυποχώρητη στο αίτημά της, και προκάλεσε την ανταλλαγή βαρέων φράσεων και χαρακτηρισμών, τη στιγμή που ήταν προβλέψιμο ότι η ελληνική έννομη τάξη καθώς και η πάγια νομολογία του ΕΔΑΔ δεν επέτρεπαν το αίτημα της Εκκλησίας. Ο πρωθυπουργός Κωνσταντίνος Σημίτης απαντώντας σε ερώτηση στη Βουλή στις 24 Μαΐου δήλωσε αντίθετος με την αναγραφή του θρησκεύματος. Το ζήτημα έλαβε διαστάσεις και η Ιερά Σύνοδος διοργάνωσε δύο μαζικά συλλαλητήρια, στη Θεσσαλονίκη στις 14 Ιουνίου και στην Αθήνα στις 21 Ιουνίου. Η Εκκλησία αποφάσισε επίσης τη συλλογή υπογραφών αιτούμενη τη διενέργεια δημοψηφίσματος για το θέμα, καλώντας στην ενεργοποίηση του άρθρου 44 του Συντάγματος περί διενέργειας δημοψηφισμάτων και ξεκίνησε στις 14 Σεπτεμβρίου 2000.
Μετά από έναν περίπου χρόνο, στις 29 Αυγούστου 2001 ο Αρχιεπίσκοπος παρέδωσε τις περίπου 3 εκατομμύρια υπογραφές, κατά τα στοιχεία της Εκκλησίας, στον Πρόεδρο της Ελληνικής Δημοκρατίας Κωνσταντίνο Στεφανόπουλο, ο οποίος δεν έκανε δεκτό το αίτημα για δημοψήφισμα. Ο Προέδρος της Δημοκρατίας, στηρίζοντας την απόφαση της Κυβέρνησης Σημίτη, απάντησε στον Αρχιεπίσκοπο πως δεν συντρέχουν οι προϋποθέσεις για τη διεξαγωγή δημοψηφίσματος για το θέμα των ταυτοτήτων και οι πάντες έχουν υποχρέωση συμμορφώσεως προς τους κανόνες του ισχύοντος δικαίου. Η αναγραφή του θρησκεύματος στις αστυνομικές ταυτότητες, ακόμα και σε εθελοντική βάση, όπως ζήτησε τελικά ο Αρχιεπίσκοπος, κρίθηκε αντισυνταγματική από τα ελληνικά δικαστήρια.
Ο τότε αρχηγός της αξιωματικής αντιπολίτευσης Κώστας Καραμανλής είχε υπογράψει και αυτός κατά τη συλλογή υπογραφών από την Εκκλησία, όμως όταν λίγα χρόνια αργότερα κέρδισε τις εκλογές η Νέα Δημοκρατία και ο ίδιος έγινε πρωθυπουργός δεν άνοιξε ποτέ ξανά το θέμα, παρά τη θέση του και τη δέσμευσή του υπέρ της διεξαγωγής εθνικού δημοψηφίσματος καθώς η κυβέρνηση Καραμανλή δεσμευόταν από τις αποφάσεις της ελληνικής διοικητικής δικαιοσύνης.
